一次万妃请太子去其宫内玩，进上点心若干，佑樘不食，曰恐有毒。万妃大恐，思忖宪宗百年后自己定然难逃一死，便大肆在宪宗面前抵毁佑樘。这时宪宗已有好几个皇子了，在废立太子上还是游刃有余的。在万妃和太监梁芳的一再劝说下宪宗终于决定易储，召来司礼太监怀恩拟旨，不料怀恩以头碰地，死拒不从，宪宗无奈，罢了怀恩的司礼监掌印，欲继续易储。风雨飘摇之际，东岳泰山地震，钦天监奏报地震与太子有关，宪宗迷信，怕惹得天怒人怨，总算搁下了易储的念头。

　　万妃谋夺储位不成，于宪宗二十三年春一病不起，不久就郁郁而终了。宪宗得信，颓然叹道，万妃去了，我也活不长了，是年四月，宪宗果然患病，七月召太子辅政，八月宪宗驾崩，追随他心爱的万妃于地下去了。孝宗佑樘继位，年号弘治。

　　孝宗自幼经历坎坷，九死一生。所以即位后廉洁而贤明，尤其是在私生活方面，终其一世身边只有张皇后一人，再无一个嫔妃。孝宗和张皇后是患难之交，一对恩爱夫妻。两人每天必定是同起同卧，读诗作画，听琴观舞，谈古论今，照夕与共。这不经意间的举动，创造了古往今来一个特殊的纪录，也算是朱佑樘作为一代明君的佐证之一。

　　明孝宗在内政治道上最主要的措施是大力兴修水利，发展农业，繁荣经济。大明弘治二年（1489年）五月，开封黄河决口，孝宗命户部左侍郎白昂领5万人修治。大明弘治五年（1492年），苏松河道淤塞，泛滥成灾。孝宗命工部侍郎徐贯主持治理，历时近三年方告完成。从此，苏松消除了水患，再度成为鱼米之乡。同时，孝宗还采取了采取种种措施减轻老百姓的徭役赋税，缓和了原本已经日趋紧张的阶级矛盾，把本已衰败的明朝从悬崖边拉了回来。

　　孝宗还有着极好的个人修养和处世态度。由于六岁已经被立为太子，他九岁便已进学，师从彭华、刘健、程敏政等学养深厚之士，从进学到即位，接受了长期的正规教育。所以他既拥有渊博的学识，又具有广泛的爱好和兴趣，尤其是喜欢诗歌、绘画、弹琴等，并且在这些方面的造诣颇深。这在明朝皇帝中绝对是不多见的。因为年幼历经人间冷暖，孝宗对人生的认识也远比他人深刻，所以他有着一颗博大仁爱之心，对臣下宽厚平和。他在位的18年里，大臣们无一人因进谏或轻微过失被"廷杖"。当时早朝的时候，皇帝亲御奉天门，大臣们言事，要从左右廊庑入门内面君而奏。有的大臣因地滑，行走失仪，孝宗从不问罪，奏本中有错字也不纠问。经筵讲官失仪，他还宽慰数词，不使其慌恐。有一年冬天，孝宗夜晚坐在宫内，觉得天气寒冷，就问左右内臣："现在官员有在外办事回家在路途的吗?"左右回答说："有。"他又说："如此凛冽且昏黑，倘廉贫之吏，归途无灯火为导，奈何?"遂传下圣旨，命今后遇在京官员夜还，不论职位高低，一律令铺军执灯传送。这些事虽不算大，但作为一个封建皇帝能做到如此曲体臣下，实属不易。孝宗在生活上也注重节俭，对于铺张浪费深恶痛绝。在生活习惯上也极为严谨，几乎没有属于自己的爱好，不近女色，一生只有张皇后一位妻子，不曾有其他嫔妃。弘治元年(1488年)，出使明朝的朝鲜使臣卢思慎，曾对朝鲜的国王说："先皇帝(宪宗)或于用人，间以私意，今皇帝(孝宗)则铨注登庸一出于正。又性不喜宝玩之物，虽风雪不废朝会，临群臣皆以丧服(居丧期间)，惟祀天祭用黄袍，臣等慰宴时不奏乐，不设杂戏，劝花置于床上而不簪。大抵先皇帝弊政一切更张矣。"

　　孝宗也是明朝皇帝中少见的非常勤政的皇帝，在位期间除早、晚两朝外，每日两次在平台召集有关大臣议事，这便是"平台召见"这一新的朝参方式的由来。他常召阁臣至文华殿，让大家共议大臣的章奏，写出批词后，自己再批改颁发。当时的内阁学士李东阳对此现象大为感慨，说："天顺以来，30余年间，皇帝召见大臣，都只问上一二句话，而现在却是反复询问，讨论详明，真是前所未有啊!"

　　弘治一朝，由于孝宗任贤使能，抑制官宦，勤于务政，倡导节约，与民休息，既无权臣、宦官及后宫的专权，也极少弊政，是明代历史上少有的政治清明、经济繁荣、百姓富裕，人民安居乐业的和平时期。成化年间的不安定局面得到了根本扭转。

　　后世史家给予明孝宗给很高的评价，认为他力挽危局，清宁朝序，恭俭有制，勤政爱民，为中兴明主，其功绩不亚于太祖、成祖。在个人品德方面，更胜于太成。